Metody asemblacji długich łańcuchów peptydowych i ich złożoność obliczeniowa
Loading...
kkapd2012.pdf (149.25 KB)
Date
2012-09
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Using this material is possible in accordance with the relevant provisions of fair use or other exceptions provided by law. Other use requires the consent of the holder.
Abstract
Długie peptydy nazywane są białkami i pełnia˛ wiele funkcji w ludzkim organizmie m.in są katalizatorami, transportują inne substancje, chronią przed antygenami. Peptydy zbudowane są z 20 typów aminokwasów połączonych w długie nierozgałęzione łańcuchy (sekwencje). Znajomość sekwencji to pierwszy krok do poznania funkcji białka. Znane metody pozwalają na określenie kolejności aminokwasów (sekwencjonowanie) jedynie krótkich łańuchów. Długie peptydy są częściowo trawione do wielu krótkich sekwencji, które są następnie sekwencjonowane. W dalszej kolejności wykorzystuje się metody asemblacyjne do rekonstrukcji badanego białka. W pracy przedstawiono dwa problemy asemblacji. Zaproponowany został nowy model grafowy jako reprezentacja jednego z tych problemów.